Kondisi ekosistem pesisir dan laut merupakan bagian dari aspek biofisik pengelolaan yang perlu diidentifikasi, dinilai potensinya dan dipantau (monitor) secara berkala sebagai bagian dari proses pengelolaann. Pesisir dan laut memiliki tiga ekosistem mangrove, padang lamun dan terumbu karang. Ketiga ekosistem ini memiliki fungsi penting yang saling berkaitan baik dari aspek ekologis maupun ekonomis. Secara ekologis, ketiga ekosistem ini merupakan tempat mencari makan (feeding ground).