Salah  satu  upaya  untuk  mendukung  pengelolaan  keuangan daerah yang  lebih  baik  untuk mendorong  perbaikan  pada  layanan publik,  Australia  Indonesia  Partnership  for Decentralisation (AIPD)  bersama  dengan  Bursa  Kawasan Timur  Indonesia  (BaKTI) melakukan penyusunan kajian penerimaan  dan  pengeluaran  publik  dalam  bentuk laporan Public  Expenditure  and  Revenue Analysis (PERA) di  20  kabupaten  di  Indonesia  termasuk Kabupaten Manokwari, Provinsi Papua Barat. 

Laporan  kajian PERA ini  mengidentifikasikan  tantangan  dan  hambatan  yang  dihadapi oleh Pemerintah  Kabupaten  Raja  Ampat  dalam penganggaran  alokasi,  pengelolaan  keuangan daerah dengan memperhatikan isu-isu strategis seperti halnya kemiskinan, kesetaraan gender, HIV/AIDS dan  penggunaan Dana  Otonomi  Khusus (Otsus)  yang  belum  optimal.  Sejalan dengan itu, laporan ini juga memberikan rekomendasi yang sangat relevan dan penting untuk dijadikan sebagai referensi dalam mendukung keberhasilan pembangunan di Kabupaten Raja Ampat, khususnya dalam hal perbaikan pengelolaan keuangan daerah yang terdiri dari aspek perencanaan, penganggaran,  pelaksanaan,  pengawasan  dan  evaluasi  untuk  peningkatan sektor-sektor kunci seperti  pendidikan,  kesehatan,  infrastruktur,  pariwisata,  perikanan  dan kelautan.