Universitas dan Lembaga Penelitian memainkan peran penting khususnya sebagai sumber penting  untuk  masukan  kebijakan.  Namun,  di  Indonesia  Timur,  lembaga-lembaga penelitian tersebut sering kali tidak memiliki jaringan ke level nasional dan internasional, mengalami  kesulitan  dalam  berkolaborasi  dengan  peneliti  lain,  dan  seringkali  tidak memiliki sumber daya dan sistem internal yang diperlukan untuk menghasilkan penelitian berkualitas tinggi.