YBI pertama kali berdiri dengan nama YS. Betania Irian Jaya pada, 3 September 1990 dengan akte Notaris No. 11, tertanggal, 3 September 1992 dikarenakan pada tahun 1990 s/d 1999 kegiatan pelayanannya meliputi daerah Irian Jaya saja, tetapi karena perkembangan pelayanan YBI di beberapa daerah di Indonesia dan telah menambah bidang pelayanannya maka Betania Irian Jaya Berubah menjadi Ys. Betania Indonesia dengan akte no.6 pada, 5 Februari 1999.