Sebagai organisasi pertukaran pengetahuan, BaKTI mengelola Jaringan Pertukaran Pengetahuan, Media Pertukaran Pengetahuan, dan Event Pertukaran Pengetahuan di 12 provinsi di wilayah Papua, Maluku, Nusa Tenggara dan Sulawesi.

Yayasan BaKTI mengelola Program Kemitraan Australia-Indonesia Menuju Masyarakat Inklusif atau Program INKLUSI adalah Program yang didukung oleh Pemerintah Australia, yang dikoordinasikan oleh Bappenas melalui Deputi Bidang Pembangunan Manusia Masyarakat dan Kebudayaan, Direktorat Keluarga Perempuan Anak Pemuda dan Olahraga.

Dalam pelaksanaan program, Yayasan BaKTI dan mitra lokal di masing-masing wilayah, akan membangun kemitraan dan kerjasama dengan 4 stakeholders kunci, yaitu Dewan Perwakilan Rakyat Daerah (DPRD), eksekutif khususnya OPD terkait, media massa melalui forum media, dan kelompok masyarakat marginal/rentan dan disabilitas melalui kelompok konstituen pada tingkat desa/kelurahan.

Sementara untuk mengefektifkan program di daerah masing-masing, maka Yayasan BaKTI bekerja dengan enam mitra lokal. Sedangkan untuk wilayah Maros, program INKLUSI dikelola langsung melalui Sub Office Yayasan BaKTI.