Mendorong pembangunan Kawasan Timur Indonesia melalui:

1. Pengembangan kajian strategis (penelitian, studi, diskusi dan lain sebagainya) dan fundamental yang menyediakan input yang valid (secara historis dan kontekstual) untuk mengarahkan kebijakan pembangunan dan tindakan intervensi.
2. Mengindentifikasi dan memastikan penggunaan unsur pengetahuan local (kompetensi, kapasitas dan teknologi).
3. Menggunakan pendekatan penelitian lintas bidang ilmu yang dimaksudkan sebagai penguatan kapasitas kelembagaan, SDM, pengelolaan SDA, pengelolaan lingkungan, penyelesaian konflik dan perlindungan terhadap Hak Asasi Manusia.
4. Memperkenalkan dan menerapkan model-model pembangunan yang sesuai untuk pemerintahan dan civil society.
5. Mendorong dan memperkuat para pemimpin masa depan (dari KTI) yang mampu mengarahkan perubahan berdasarkan ilmu pengetahuan.
6. Secara aktif mendorong pertukaran pengetahuan melalui publikasi, seminar dan lokakarya dalam rangka peningkatan aksesibilitas dan kegunaan data dan informasi yang ada di daerah (KTI).